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El Centro de Investigación y de Estudios Avanzados (CINVESTAV) es un organismo público descentralizado con personalidad jurídica. Dispone de Unidades especializadas en diversas partes del territorio nacional, la Unidad de Mérida ejecuta proyectos y líneas de investigación con un clúster de más de 60 investigadores. Cuenta con tres departamentos académicos, desde donde se impulsa la investigación científica en los campos de la Ecología Humana, la Física y las Ciencias del Mar. El conjunto de sus programas de investigación cubre temas como: acuacultura, pesca y biotecnología; procesos y manejo costero; salud e impacto ambiental; biodiversidad y función de ecosistemas acuáticos; uso social de los ecosistemas; cultura y recursos naturales; sociedad y recursos naturales; crecimiento y desarrollo humano como indicadores de condiciones de vida; ecotoxicología y salud humana; entre otros.